בית הכנסת יד רמ"א משמש כמרכז תורני –רוחני בעיר נתיבות. בבית הכנסת מתקיימים מידי יום שיעורי תורה ותפילות לילדים ולמבוגרים מכל העדות. בשעות הבוקר ישנם שיעורי תורה לקהילה המבוגרת ופנסיונרים, ובשעות הערב שיעורי תורה פעילויות חינוכיות, תורניות וחברתיות לבעלי בתים ילדים ולבני נוער (שיעורי תורה נמסרים מפי רבנים קבועים).